Nació en Sevilla, en la calle Vidrio, el 25 de febrero de 1877, en el seno de una familia humilde y profundamente religiosa. Fué bautizado en esta parroquia de San Bartolomé. De niño formó parte de los famosos “seises” de la Catedral de Sevilla, y ya entonces su amor a la Eucaristía y a María Santísima se consolidaron.

En 1902 fue enviado a dar una misión en Palomares del Río, pueblo donde Dios le marcó con la gracia que determinaría su vida sacerdotal. Él mismo nos describe esta experiencia. Después de escuchar las desalentadoras perspectivas que para la misión le presentó el sacristán, nos dice: «Fui derecho al Sagrario… y ¡qué Sagrario, Dios mío! ¡Qué esfuerzos tuvieron que hacer allí mi fe y mi valor para no salir corriendo para mi casa! Pero, no huí. Allí de rodillas… mi fe veía a un Jesús tan callado, tan paciente, tan bueno, que me miraba… que me decía mucho y me pedía más, una mirada en la que se reflejaba todo lo triste del Evangelio… La mirada de Jesucristo en esos Sagrarios es una mirada que se clava en el alma y no se olvida nunca».

En 1905 es destinado a Huelva. Se encontró con una situación de notable indiferencia religiosa, pero su amor e ingenio abrieron caminos para reavivar pacientemente la vida cristiana. Siendo párroco de la parroquia de San Pedro y arcipreste de Huelva, se preocupó también de la situación de las familias necesitadas y de los niños, para los que fundó escuelas.
Así, con la sencillez del Evangelio, nació la «Obra para los Sagrarios-Calvarios». Obra para dar una respuesta de amor reparador al amor de Cristo en la Eucaristía, a ejemplo de María Inmaculada, el apóstol san Juan y las Marías que permanecieron fieles junto a Jesús en el Calvario.

La gran familia de la Unión Eucarística Reparadora, que se inició con la rama de laicos denominada Marías de los Sagrarios y Discípulos de san Juan, se extendió rápidamente y don Manuel abrió camino sucesivamente a la Reparación Infantil Eucarística, en el mismo año; los sacerdotes Misioneros Eucarísticos, en 1918; la congregación religiosa de Misioneras Eucarísticas de Nazaret, en 1921, en colaboración con su hermana María Antonia; la institución de Misioneras Auxiliares Nazarenas, en 1932; y la Juventud Eucarística Reparadora, en 1939.

A finales de 1912 fue recibido en audiencia por Su Santidad Pío X, a quien fue presentado como «el apóstol de la Eucaristía». San Pío X se interesó por toda su actividad apostólica y bendijo la Obra.

Recibe la ordenación episcopal el 16 de enero de 1916. En 1920 fue nombrado obispo residencial de esa sede, acontecimiento que decidió celebrar dando un banquete a los niños pobres, en vez de a las autoridades; éstas, junto con los sacerdotes y seminaristas, sirvieron la comida a los tres mil niños.

Como pastor de la diócesis malagueña, al igual que en Huelva, potenció las escuelas y catequesis parroquiales, practicó la predicación callejera.., y descubrió que la necesidad más urgente era la de sacerdotes. Con una confianza sin límites en la mano providente del Corazón de Jesús, emprendió la construcción de un nuevo seminario. Sueña y proyecta “un seminario sustancialmente eucarístico”. A sus sacerdotes, al igual que a los miembros de las diversas fundaciones que realizó, les propondrá como camino de santidad «llegar a ser hostia en unión de la Hostia consagrada».

Con la llegada de la República a España, en 1931 le incendian el palacio episcopal y ha de trasladarse a Gibraltar. Desde 1932 rige su diócesis desde Madrid. El 5 de agosto de 1935 el Papa Pío XI lo nombra obispo de Palencia, donde entregó los últimos años de su ministerio episcopal.

También en sus escritos transmitió el amor a la Eucaristía, escritos que se han recopilado recientemente en sus “Obras completas”.

Su salud empeora notablemente. El 4 de enero de 1940 entregó su alma al Señor y fue enterrado en la catedral de Palencia, donde podemos leer el epitafio que él mismo escribió: «Pido ser enterrado junto a un Sagrario, para que mis huesos, después de muerto, como mi lengua y mi pluma en vida, estén siempre diciendo a los que pasen: ¡Ahí está Jesús! ¡Ahí está! ¡No lo dejéis abandonado!».

Su Santidad Juan Pablo II declaró sus virtudes heroicas el 6 de abril de 1998. Su beatificación, por el Papa Juan Pablo II, fue el 29 de abril de 2001.